Мнение старожилов о происхождении названия села разделилось. Одни связывают его со словом «шептать», другие с первого хозяина поселения казака Яна Шептухова (1705 год). Есть ещё одна, третья версия, согласно которой название села возникло от того, что заселялось оно украинскими и польскими казаками, и лечение больных людей и животных велось нашёптыванием.
В 1790 году в селе была построена ныне утраченная церковь Николая Чудотворца.
Областной Государственный архив от 21 марта 1966 года № 172 сообщает, что по народному преданию слобода Шептуховка заселена около 1705 года. Первыми поселенцами были крепостные малороссы. Пришли они из Харьковской и Черниговской губерний. В 1790 году в слободе была построена церковь помещиком войсковым старшиной Максимом Яновым. В 1822 году в слободе было 113 дворов, жители слободы занимались землепашеством. К 1915 году в слободе Шептуховка 386 дворов, 3492 десятин земли, население составляло 3910 человек. В слободе находилось: волостное и сельское правление, ссудно-сберегательное товарищество, церковь, церковно-приходская школа, две вальцовые мукомольные мельницы, два маслобойных цеха и 15 ветряков.