Чалтырь основан в 1779 году армянами, переселенцами с полуострова Крым, родиной которых в свою очередь является столица средневековой Армении город Ани. Говорят на нор-нахичеванском (донском, крымско-анийском) диалекте западноармянского языка. Донские армяне и сейчас составляют бо́льшую часть населения села и других населённых пунктов Мясниковского района Ростовской области.

В 1869—1870 годах через хутор Мокрый Чалтырь была проложена железная дорога линии Таганрог — Ростов. Строили и обслуживали эту дорогу не только приезжие артели, но и местное население. На станции Мокрый Чалтырь ежедневно останавливаются пригородные электропоезда, которые следуют в направлении станций Таганрог-2, Успенская, Ростов-Главный[2].

В конце XIX века крестьяне села Чалтырь вывели народным способом, отбирая качественные зерна, новый сорт сильной, яровой пшеницы «чалтырка

О происхождении названия села Чалтырь существует множество версий. По одной из легенд название Чалтырь происходит от армянских слов «чал», «чалка» — причал, причаливать. Это село самое большое из пяти (позже из шести) армянских поселений Нахичеванской округи, которые были основаны в 1779 году армянами — переселенцами из Крымского села Орталанк. На выбор места для строительства села повлияла не только близость к Крепости святого Димитрия Ростовского, но и то обстоятельство, что здесь проходил большой Бахмутский торговый путь из Приднестровья к устью Дона. Согласно легенде первые постройки Чалтыря были возведены на склоне балки Чалтырьской у родника, который называется Мец-Чорвах (Большой родник)[2].

Другая легенда утверждает, что название села произошло от озера Чалдырь (Чалдыр, Чилдыр) "Чалдыр (Чалдыр-гель) — озеро в северо-восточной части Карсской области на северной окраине Армянского (Карсского) плато