Кагальник основан в 1670 году Степаном Разиным. Существует, по меньшей мере, три версии о возникновении села.
Согласно одной из них, село основал в 1669 году Степан Разин — осенью после Каспийского похода. Версия изложена в книге «Россия. Полное географическое описание… Том 14. Крым и Новороссия» под редакцией В. П. Семенова-Тян-Шанского. Однако это утверждение следует отнести к явно ошибочным: Кагальницкий городок, основанный Разиным, находился на правом берегу Дона вблизи станицы Раздорской, где в Дон впадает речка, называемая тоже Кагальник. Этот городок после подавления крестьянского восстания был разрушен, и следов его не найдено поныне. Однако и сегодня встречаются публикации, в которых эта версия воспринимается как достоверная (заметка в газете «Красное Приазовье», 1988, 19 ноября). Между тем, внимательный читатель заметит, что в той же книге на с. 344 без каких-либо комментариев сообщается, что село Кагальницкое основано в 1760 году.
По другой версии начало селу положили в 1736 году украинцы во главе с Трофимом Королём, поселившиеся здесь тайком для занятия рыбной ловлей. Жили в землянках, от турок скрывались в камышах. И уже в 1750 году у них здесь была своя походная церковь. Эти сведения, впервые изложенные в «Материалах для историко-статистич. описания Екатериносл. епархии» (1880), многими признаны как наиболее достоверные. Хотя, возможно, имеет право на существование и версия, связанная с упомянутой выше датой — 1760 год. В том году была упразднена крепость Святой Анны (находившаяся километрах в 12 выше Ростова), её жителям предложено было переселиться в новую крепость Святого Дмитрия Ростовского, но многие из них предпочли перебраться на гирло Свиное, где можно было заниматься рыболовством. Это событие и дало повод считать датой основания села Кагальник 1760 год, но скорее всего, оно явилось лишь этапом в истории населённого пункта: места эти потихоньку обживались и запорожскими, и донскими казаками ещё с XVII века.
Наиболее бурный период своего развития село переживает после русско-турецкой войны 1768—1774 гг., когда в междуречье Кагальника и Еи хлынул поток переселенцев. По распоряжению азовского губернатора В. А. Черткова селениям Койсуги и Кагальник отводилась роль опорных пунктов в распределении этого потока. Село быстро растёт, на отведённых ему землях возникают поначалу неприметные хутора, превратившиеся со временем в самостоятельные селения: Круглое, Головатовка, Пешково, Кугей, Качеван (см. Береговой), Подазовский, Узяк, Займы (см. Заимо-Обрыв). Село становится волостным центром, ежегодно в нём проводились весенние и осенние ярмарки.
Первая церковь — Покровская — была деревянной, построена в 1783 году; в 1789 году сгорела, восстановлена в следующем, 1790 году, а освящена в феврале 1791 года. В 1842 году вместо деревянной построена кирпичная, на каменном цоколе. В 1863 году в селе была сооружена ещё одна церковь — Троицкая, деревянная, на каменном фундаменте.
Существует легенда о несметных сокровищах, якобы захороненных вблизи села Кагальник в середине XVIII века в одном из курганов запорожским, кошевым атаманом Петром Калнишевским.
Село названо по речке Кагальник; само это слово, возможно, восходит к огузо-половецкому «когалы» — «поросшая осокой, кугой».
В материалах, собранных в 1905 году Х. И. Поповым, сохранилась запись кагальницкого старосты Канивца о том, что селение Кагальник, по слухам, «получило название своё от слова „Кагаль“, будто бы на этом самом месте… было турецкое поселение Когаль».
КАГАЛЬНИК: красная лоза, которую садят для закрепления песков;
две небольшие речки, левые притоки Дона;
прежнее название Кагальницкой станицы или городка, где проживала семья Степана Разина и где он сам был взят сторонниками Москвы;
большое село в устье Дона, около 7 км от Азова.
Источник: «Казачий справочник», Кливленд Охайо, США, 1966 год.
В XIX — начале XX веков — слобода Ростовского округа Земли Войска Донского, с 1870 — Области Войска Донского.